"""
Script che definisce ed usa la funzione copy_stop_codon che dato il nome di un file in formato fasta ed il nome di un file di output, copia solo le sequenze di dna contenetni un codone di terminazione. La funzione deve anche ritornare il numero di sequenze copiato nel file.
"""

from fastautil import read_fasta
from bioseq.dnautil import has_stop_codon

def copy_stop_codon(infile,outfile='output.fasta'):
	nseqs = 0
	try:
		f=open(outfile,'w')
	except IOError:
		print("can not open file: %s" % outfile)
		return n_seqs		
	
	seqs = read_fasta(infile)
	for k in seqs.keys():
		if has_stop_codon(seqs[k]):
			f.write(">"+k+"\n")
			f.write(seqs[k])
			nseqs += 1
	f.close()
	return nseqs

infile = input("Inserisci il nome del file di input\n")
outfile = input("Inserisci il nome del file di output\n")
print(" Ho copiato %d sequenze nel file %s" % (copy_stop_codon(infile,outfile),outfile))